Профилактический чай из ягод можжевельника возбуждает аппетит, способствует пищеварению, удаляет газы из желудка и кишечника, усиливает перистальтику кишечника и секрецию желез, дезинфицирует мочевые пути, разжижает мокроту, облегчает отхаркивание и обладает противомикробным, противовоспалительным и обезболивающим действием. Ягоды используют как мочегонное средство при отеках почечного происхождения, мочекаменной болезни. Наружно спиртовую настойку и отвар ягод применяют при ревматизме, подагре, параличе конечностей, при воспалении десен.

Внутреннее применение можжевельника как ядовитого растения требует осторожности.