Профилактический чай из травы змееголовника молдавского возбуждает аппетит, нормализует деятельность пищеварительных органов, обладает бо­леутоляющим, успокаивающим, ранозаживляющим и противосудорожным действием.

В тибетской медицине используется при заболева­ниях печени и желудка. Компрессы и припарки из травы применяются при ревматизме, головной боли, ушибах, синяках. Отвары используются при зубной боли и для по­лоскания полости рта при воспалительных заболеваниях.